中醫(yī)透藥療法作為中醫(yī)外治的一種重要手段，其理論基礎(chǔ)深深植根于中醫(yī)的基本理論之中。
中醫(yī)理論，即中醫(yī)基礎(chǔ)理論，簡(jiǎn)稱“中基”，是以天人合一的整體理念與辨證論治、相似觀（分形觀）的循證觀點(diǎn)為較大特色的傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)體系的基礎(chǔ)與核心。
它全面系統(tǒng)地闡述了人體的生理、病理現(xiàn)象，并用于指導(dǎo)臨床診療活動(dòng)。
中醫(yī)基礎(chǔ)理論的學(xué)說主要包括陰陽五行學(xué)說、臟象五系統(tǒng)學(xué)說、氣血精津液神學(xué)說等。
陰陽學(xué)說認(rèn)為，人體是一個(gè)陰陽對(duì)立的統(tǒng)一體，陰陽的對(duì)立制約、互根互用及轉(zhuǎn)化關(guān)系維持著人體的動(dòng)態(tài)平衡。
五行學(xué)說則將自然界的某些事物或現(xiàn)象按“木、火、土、金、水”五類屬性進(jìn)行歸納，用以闡釋人體局部與局部、局部與整體、體表與內(nèi)臟的有機(jī)聯(lián)系。
臟象五系統(tǒng)學(xué)說，即心、肝、脾、肺、腎五大系統(tǒng)，是中醫(yī)對(duì)人體生理結(jié)構(gòu)和功能的高度概括。
每個(gè)系統(tǒng)都涵蓋了相應(yīng)的臟腑、組織、器官及其生理功能，并通過經(jīng)絡(luò)縱橫廣泛地分布，以貫通內(nèi)外上下，運(yùn)行氣血津液，滋養(yǎng)并調(diào)節(jié)各組織器官的活動(dòng)。
例如，心系統(tǒng)主血脈，推動(dòng)和調(diào)控血液在脈管中運(yùn)行，流注全身；肺系統(tǒng)主氣，司呼吸，朝百脈，主治節(jié)；脾系統(tǒng)主運(yùn)化，統(tǒng)血，為后天之本；肝系統(tǒng)主疏泄，藏血，調(diào)暢氣機(jī)；腎系統(tǒng)主藏精，主水，主納氣，為先天之本。
氣血精津液神學(xué)說則進(jìn)一步闡述了人體生命活動(dòng)的基本物質(zhì)及其相互關(guān)系。
氣是構(gòu)成人體和維持人體生命活動(dòng)的較基本物質(zhì)，具有推動(dòng)、溫煦、防御、固攝、氣化等作用。
血是循行于脈中而富有營養(yǎng)的紅色液態(tài)物質(zhì)，是構(gòu)成人體和維持人體生命活動(dòng)的基本物質(zhì)之一。
精是構(gòu)成人體和維持人體生命活動(dòng)的精微物質(zhì)，包括先天之精和后天之精。
津液是機(jī)體一切正常水液的總稱，包括各臟腑形體官竅的內(nèi)在液體及其正常的分泌物。
神則是人體生命活動(dòng)的主宰和總體體現(xiàn)。
中醫(yī)透藥療法正是基于這些中醫(yī)基本理論，通過藥物作用于人體特定穴位或患處，達(dá)到調(diào)整陰陽、疏通經(jīng)絡(luò)、調(diào)和氣血、扶正祛邪的目的，從而治療疾病和保健養(yǎng)生。